Exposition et susceptibilité des populations humaines aux agents infectieux
Cet axe identifie les facteurs (biologiques, environnementaux, socio-démographiques) de la susceptibilité aux infections à La Réunion et dans le sud-ouest de l'océan Indien, via une approche One Health intégrant l'humain à son socio-écosystème.
Objectifs
Cet axe a pour objectif l’identification des déterminants biologiques, environnementaux et socio-démographiques de la susceptibilité aux infections au sein des populations humaines de La Réunion et du sud-ouest de l’océan Indien. En adoptant une perspective One Health, il s’agit d’étudier l’humain non comme une entité isolée, mais au cœur d’un socio-écosystème complexe. Le contexte historique du peuplement de La Réunion, caractérisé par un brassage génétique singulier et une exposition régionale élevée aux agents infectieux, y compris émergents, permet d’analyser le rôle de l’exposome et de l’hologénome dans les dynamiques épidémiques. À terme, ces travaux doivent contribuer à améliorer la surveillance syndromique, la détection précoce des épisodes d’émergence et par conséquent la protection des populations vulnérables de cette région multi-insulaire.
Approches
Les recherches s’appuient sur des cohortes hospitalières et populationnelles mises en place au CHU de La Réunion afin d’explorer conjointement exposition infectieuse, diversité génétique humaine et microbiotes associés. Un premier volet consiste à documenter l’histoire d’exposition aux agents infectieux par des analyses sérologiques ciblées et à haut débit (incluant Bioplex et PhiP-sequencing), permettant d’identifier des circulations virales, bactériennes ou fongiques, y compris silencieuses. Un second volet repose sur des approches de métagénomique, métatranscriptomique et culturomique visant à caractériser les microbiotes, les résistances antimicrobiennes (résistomes) et les interactions hôte-agents infectieux. L’analyse conjointe des variants génétiques et immunitaires humains et de la dysbiose permet de comprendre comment les pressions environnementales modulent la susceptibilité individuelle et collective. Enfin, un troisième volet porte sur l’identification de biomarqueurs de diagnostic et de sévérité (antigènes circulants, signatures inflammatoires ou épitopes spécifiques) afin d’améliorer le pronostic, le diagnostic et la prise en charge des formes graves.