Axe 1

Cet axe vise à mieux comprendre les déterminants écologiques et évolutifs de la circulation des agents infectieux dans les écosystèmes insulaires du sud-ouest de l’océan Indien. La localisation de La Réunion, au sein d’une zone d’émergence, permet de développer des suivis à long terme afin de décrypter les cycles naturels d’infection, d’identifier les conditions favorables aux émergences et d’évaluer les risques zoonotiques. Les recherches portent en particulier sur les interactions entre réservoirs vertébrés, vecteurs arthropodes et pathogènes, ainsi que sur l’impact des changements globaux sur les dynamiques infectieuses.

Les travaux reposent sur des suivis de terrain intégrés ciblant chauves-souris, petits mammifères, oiseaux et arthropodes hématophages (e.g. moustiques, tiques, puces). Les agents étudiés incluent des virus à fort potentiel zoonotique (Coronavirus, Paramyxovirus, Influenza, etc.) ainsi que des bactéries zoonotiques (Leptospira spp., Yersinia pestis). Des dispositifs expérimentaux, notamment la plateforme PLATIN-OI, permettent d’évaluer la capacité de transmission des arbovirus endémiques ou émergents. L’ensemble s’appuie sur des approches de métagénomique, transcriptomique, phylodynamique et de modélisation spatio-temporelle afin de mieux comprendre l’écologie des réservoirs et vecteurs d’agents zoonotiques, de mesurer notamment les effets de l’urbanisation, des changements climatiques, de l’introduction d’espèces exotiques sur les transmissions zoonotiques, et d’identifier des échanges d’agents infectieux entre espèces à l’interface animal-humain.