DYnamique des Systèmes Infectieux InsulaireS
Nos recherches portent sur la dynamique écosystémique des agents infectieux retrouvés dans l’environnement, chez des réservoirs animaux de la faune sauvage endémique ou introduite, et transmis par des vecteurs invertébrés (moustiques, tiques), dans un contexte de changements globaux.
Ces travaux sont structurés en deux axes portant sur :
- les dynamiques de transmission en populations naturelles
- Les interactions microbiennes dans les systèmes vectoriels
Écologie des hôtes, des vecteurs, et exposition de l’homme
L’équipe développe des recherches sur l’écologie des réservoirs animaux et des vecteurs dans les écosystèmes insulaires, en s’intéressant au comportement des espèces (ex : phénologie, déplacements migratoires, régime alimentaire) et à leur physiologie (microbiome, stress, immunité). Nous étudions une grande diversité d’espèces animales vertébrés (oiseaux, petits mammifères terrestres, chauves-souris) et invertébrés (moustiques, tiques, puces). Nos recherches sont basées sur des suivis spatio-temporels des populations d’animaux et des infections expérimentales en laboratoire. Chez l’homme, notre recherche clinique porte principalement sur la physiopathologie des infections sur la base d’études de cohortes. Ces travaux sont principalement menés dans les îles de l’océan Indien (Réunion, Mayotte, Comores, Maurice, Seychelles, Madagascar, îles Éparses) et les pays d’Afrique continentale (Mozambique, Afrique du Sud, Tanzanie).
Focus multi-agents infectieux
Nos modèles d’étude privilégiés incluent plusieurs agents infectieux d’intérêt médical pour l’homme, dont des arbovirus (Dengue, Chikungunya, Zika), et des virus influenza, paramyxovirus et coronavirus (dont SARS-COV-2). Nous étudions également les bactéries leptospires, Yersinia, Bartonella et Rickettsia, ainsi que des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques. Les banques d’échantillons sont analysées sur place, à La Réunion, grâce à des laboratoires de biosécurité niveau 2 et 3 et des outils de biologie moléculaire, sérologie, virologie et de séquençage. Des infections expérimentales nous permettent également de mesurer la compétence vectorielle des moustiques, ou encore la spécificité d’hôte et la virulence des agents infectieux.
Approche multidisciplinaire
Nous utilisons des méthodes de phylogéographie et de génétique des populations pour décrypter la diversité et l’histoire évolutive des communautés d’hôtes et de leurs agents infectieux dans les îles, en analysant notamment les mécanismes de changements d’hôtes liés à la modification des écosystèmes et aux pratiques humaines. Nous analysons des données épidémiologiques et génétiques afin de comprendre les dynamiques spatio-temporelles d’infection à l’échelle des populations animales et humaines ainsi que les processus de co-infections entre variants ou différents agents infectieux. Des analyses métagénomiques nous permettent d’analyser les communautés microbiennes dans leur ensemble pour évaluer l’influence du microbiome et du régime alimentaire des hôtes et des vecteurs sur l’infection et la compétence vectorielle des arthropodes. Enfin, la production et l’analyse de génomes nous permet d’étudier l’évolution moléculaire des agents infectieux dans l’environnement, les réservoirs animaux, et en phase épidémique chez l’homme. Nous internalisons de façon croissante des approches de sociologie de l’environnement pour étudier la transmission d’agents infectieux à l’interface entre faune sauvage et population humaine.
